Contexte du stage

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) se positionne parmi les leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes. L’unité mixte de recherche Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Élevage (UMR Pegase) est située en Bretagne, à 10 km de Rennes, à Saint-Gilles. Des agents INRAE et Institut Agro y mènent des recherches et dispensent des formations en biologie animale et système d’élevage. Au sein de l’unité, des chercheur·e·s de l’équipe Génétique et Génomique Avicole étudient le déterminisme génétique de l’adaptation des poules pondeuses à des environnements d’élevage innovants et durables.
L’élevage des poules pondeuses en cage disparaît en Europe, au profit de systèmes alternatifs qui offrent des conditions de vie plus respectueuses du bien-être des animaux. En 2020, 52 % des poules pondeuses étaient élevées dans des systèmes alternatifs à la cage en Union Européenne. Un arrêt de l’élevage en cage dans l’Union Européenne est même programmé en 2027 suite à l’initiative citoyenne End the Cage Age. Cependant, les animaux de lignée pure des noyaux de sélection sont généralement élevés en cage. Ce système d ‘élevage facilite le suivi de la généalogie et le contrôle de performances individuelles des candidats à la sélection. L’environnement des animaux du noyau de sélection et ceux de certains élevages sont très différents : très contrôlé en sélection et plus soumis aux aléas en production. Or l’objectif des sélectionneurs est de proposer des animaux issus d’une sélection pertinente pour tous les élevages, y compris les systèmes alternatifs. Il est alors nécessaire d’évaluer si les animaux les plus performants en système conventionnel le sont également en système alternatif. Ces différences de classement des candidats à la sélection est dû à des interactions entre le génotype et l’environnement (G×E).
Votre objectif est d’évaluer ces interactions sur les critères majeurs de sélection des poules pondeuses, afin de contribuer à la transition des élevages de poules pondeuses vers des élevages plus respectueux de leur bien être et plus agroécologiques.

Missions

Vos missions seront d’estimer les paramètres génétiques de certains caractères majeurs des objectifs de sélection, tels que l’intensité de ponte, dans des environnements contrastés (au sol ou en cage). Les paramètres à estimer sont : les héritabilités dans chaque environnement et les corrélations génétiques pour un même caractère dans deux environnements (l’utilisation de régressions aléatoires dites normes de réaction pourra être envisagée en bonus).
Ce stage est l’occasion de découvrir la recherche à impact en génétique animale (partenariat public-privé). Durant ce stage, vous vous formerez à la recherche en cernant la problématique qui vous est posée, menant une recherche et une synthèse bibliographique sur le sujet qui vous est confié, analysant les données (avec R par exemple), effectuant les calculs génétiques, en écrivant un rapport scientifique et en participant à la vie quotidienne d’une équipe de recherche.
Une poursuite en thèse sur un sujet proche de celui de ce stage peut être discutée en cours de stage.

Profil et compétences recherchées

• Intérêt pour l’amélioration génétique des capacités d’adaptation des animaux d’élevage.
• Intérêt pour l’analyse de données.
• Cursus ingénieur agronome ou Master. Stage de césure possible.
• Possibilité de réaliser ce stage en anglais.

Modalités d'accueil et contact

• Indemnité de stage : ~586 € par mois environ (selon gratification horaire minimale en vigueur en janvier 2025).
• Lieu du stage : INRAE, UMR PEGASE, 35590 Saint-Gilles (à 10 km à l’Ouest de Rennes).
• Restauration le midi possible au restaurant INRAE au tarif subventionné.
• Accès possible en transport en commun depuis Rennes.
• Durée / période souhaitée : 6 mois, peut démarrer à partir de septembre selon le calendrier de la formation de l’étudiant·e.
• Premier contact par mail à nicolas.bedere[at]inrae.fr.