Contexte du stage

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) se positionne parmi les leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes. L’unité mixte de recherche Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Élevage (UMR Pegase) est située en Bretagne, à 10 km de Rennes, à Saint-Gilles. Des agents INRAE et Institut Agro y mènent des recherches et dispensent des formations en biologie animale et système d’élevage. Au sein de l’unité, des chercheur·e·s de l’équipe Génétique et Génomique Avicole étudient le déterminisme génétique de l’adaptation des poules pondeuses à des environnements d’élevage innovants et durables.
L’élevage des poules pondeuses en cage disparaît en Europe, au profit de systèmes alternatifs qui offrent des conditions de vie plus respectueuses du bien-être des animaux. En 2020, 52 % des poules pondeuses étaient élevées dans des systèmes alternatifs à la cage en Union Européenne. Un arrêt de l’élevage en cage dans l’Union Européenne est même programmé en 2027 suite à l’initiative citoyenne End the Cage Age. Dans les systèmes alternatifs, les animaux sont plus exposés aux aléas qui perturbent leur milieu de vie, tel qu’un épisode de canicule ou l’émergence d’un virus. Nous avons donc besoin de sélectionner des animaux moins sensibles à ces perturbations. Or, cette sensibilité est difficile à quantifier. Grâce à de nouveaux outils de phénotypage à haut débit, tel qu’un nid électronique, nous avons accès a des informations qui permettent d’étudier les réponses des animaux aux aléas, comme des changements d’habitudes telles que les rythmes de ponte. Nous calculons ensuite des indicateurs de résilience à partir de ces déviations.
Votre objectif est d’étudier ces indicateurs de résilience des poules pondeuses aux travers des changements de rythmes de ponte enregistrés quotidiennement.

Missions

Vos missions seront de calculer les indicateurs de résilience connus et d’en tester de nouveaux à partir des rythmes de ponte. Ensuite, vous estimerez les paramètres génétiques de ces indicateurs de résilience : les héritabilités et les corrélations génétiques avec d’autres caractères.
Ce stage est l’occasion de découvrir la recherche à impact en génétique animale (partenariat public-privé). Durant ce stage, vous vous formerez à la recherche en cernant la problématique qui vous est posé, menant une recherche et une synthèse bibliographique sur le sujet qui vous est confié, analysant les données (avec R par exemple), effectuant les calculs génétiques, en écrivant un rapport scientifique et en participant à la vie quotidienne d’une équipe de recherche.
Une poursuite en thèse sur ce sujet peut être discutée en cours de stage.

Profil et compétences recherchées

• Intérêt pour l’amélioration génétique des capacités d’adaptation des animaux d’élevage.
• Intérêt pour l’analyse de données.
• Cursus ingénieur agronome ou Master. Stage de césure possible.
• Possibilité de réaliser ce stage en anglais.

Modalités d'accueil et contact

• Indemnité de stage : ~586 € par mois environ (selon gratification horaire minimale en vigueur en janvier 2025).
• Lieu du stage : INRAE, UMR Pegase, 35590 Saint-Gilles (à 10 km à l’Ouest de Rennes).
• Restauration le midi possible au restaurant INRAE au tarif subventionné.
• Accès possible en transport en commun depuis Rennes.
• Durée / période souhaitée : 6 mois, peut démarrer à partir de septembre selon le calendrier de la formation de l’étudiant·e.
• Premier contact par mail à nicolas.bedere[at]inrae.fr.