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Contexte du stage

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) se positionne parmi les leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes. L’unité mixte de recherche Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Élevage (UMR Pegase) est située en Bretagne, à 10 km de Rennes, à Saint-Gilles. Des agents INRAE et Institut Agro y mènent des recherches et dispensent des formations en biologie animale et système d’élevage. Au sein de l’unité, des chercheur·e·s de l’équipe Génétique et Génomique étudient le déterminisme génétique de l’adaptation des poules pondeuses à des environnements d’élevage innovants et durables.
L’université d’Aarhus (AU), au Danemark, se positionne parmi les 25 meilleures universités européennes. Le centre de recherche de Génétique et Génomique Quantitatives (QGG) y mène des travaux fondamentaux et appliqués sur le déterminisme génétique de caractères complexes en plantes, animaux, organismes modèles ou humains. Ce laboratoire est connu pour le développement de méthodes statistiques et de logiciels d’analyses génétiques et génomiques des caractères.

Seules quelques entreprises de sélection avicole fournissent les parents des poules pondeuses qui sont élevées dans le monde. Les animaux de lignée pure sont gardés dans les noyaux de sélection de ces entreprises et sont généralement élevés en cage pour permettre le suivi de la généalogie et le contrôle de performances individuelles. Bien qu’au niveau mondial, l’essentiel de la production d’œufs soit assuré par des systèmes d’élevage en cage, il existe une large diversité de systèmes de production. Les systèmes alternatifs à la cage prennent de plus en plus d’ampleur : en 2020, 52 % des poules pondeuses étaient élevées dans des systèmes alternatifs à la cage en Union Européenne (Commission Européenne, 2021). Quel que soit le système de production, les objectifs de sélections incluent la quantité et la qualité des œufs, l’efficience alimentaire, le comportement, la fertilité et la résistance à certaines pathologies. La situation actuelle fait que les animaux sont sélectionnés dans les noyaux de sélection, en cage, pour générer les animaux qui devront produire dans des systèmes alternatifs. Or, certaines études mettent en avant l’existence d’interactions génotype-par-environnement (G×E) sur des caractères de production tels que le nombre d’œufs, ce qui peut induire un reclassement des candidats à la sélection selon le système d’élevage.

L’importance de ces G×E dépend des groupes de gènes qui construisent les phénotypes dans chaque environnement. Les objectifs de ce stage sont :

• d’évaluer l’importance des G×E dans une population élevée pour partie en cage et pour autre partie au sol,
• d’identifier les zones du génome associées à ces G×E.

Afin de produire des connaissances sur le sujet, nous proposons un stage d’analyse de données qui sont collectées dans le cadre d’un projet exploratoire appelé “TRADE'OUT - Trade-off between immunocompetence, behaviour and production in laying hens raised with an outdoor access”
(https://sanba.hub.inrae.fr/rubriques-verticales2/nos-actions/projets-exploratoires/trade-out-projet-exploratoire-2022-2023). Ce projet est financé par le méta-programme INRAE "Sanba – Santé et bien-être des animaux d’élevage".

Missions

Les missions de l’étudiant·e seront :

• d’estimer les paramètres génétiques de certains caractères majeurs des objectifs de sélection, tels que le poids vif des poules, dans des environnements contrastés : d’une part dans le noyau de sélection de l’entreprise de sélection (Novogen, Plédran, France) et d’autre part dans un dispositif expérimental avec un parcours extérieur dans l’une des fermes expérimentales INRAE (PEAT, Nouzilly, France). Les paramètres à estimer sont : les héritabilités dans chaque environnement et les corrélations génétiques pour un même caractère dans deux environnements.
• d’identifier les régions du génome associées à la covariance entre le caractère mesuré dans les deux environnements en utilisant une méthodologie de détection de QTL (Quantitative Trait Loci) développée par l’université d’Aarhus.

Ce stage est l’occasion de découvrir la recherche à impact en génétique animale (partenariat public-privé), ainsi que les coulisses de deux instituts de recherche renommés (l’université d’Aarhus et INRAE). Durant ce stage, l’étudiant·e se formera à la recherche en cernant la problématique qui lui ai posé, menant une recherche et une synthèse bibliographique sur le sujet qui lui ai confié, analysant les données (avec R par exemple), effectuant les calculs génétiques, en écrivant un rapport scientifique et en participant à la vie quotidienne d’une équipe de recherche.

Profil et compétences recherchées

• Intérêt pour l’amélioration génétique des capacités d’adaptation des animaux d’élevage.
• Intérêt pour l’analyse de données.
• Cursus ingénieur agronome ou master. Stage de césure possible.
• Possibilité de réaliser ce stage en anglais.

Modalités d'accueil et contact

• Indemnité de stage : 586 € par mois environ (selon gratification horaire minimale en vigueur en janvier 2024).
• Lieu du stage : INRAE, UMR Pegase, 35590 Saint-Gilles.
• Restauration le midi possible au restaurant INRAE au tarif subventionné.
• Accès possible en transport en commun depuis Rennes.
• Durée / période souhaitée : 6 mois de janvier à juin 2023.
• Premier contact par mail uniquement, à nicolas.bedere[at]inrae.fr et à helene.rome[at]qgg.au.dk avec CV et lettre de motivation.